另一方面,铃木园子的叔叔铃木次郎吉因为不满自己总是败给怪盗基德,于是他斥巨资制造巨型的飞行船“BELL TREE I世”并以镶嵌有名贵宝石戒指“天空的贵妇人”当作赌注向基德宣战,看他能否在东京到大阪的六小时时间内完成这项困难的任务。当然江户川柯南与小兰等人理所当然也接到邀请搭上飞行船,也有电视台的人前往欲进行转播。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。 在飞行船飞行的同时,小兰偶然间发现基德在船内,她发现基德的容貌跟新一很相似,并且认为“基德的真面目是新一吗?之所以忙于调查,是因为在偷东西吗?”,正当小兰被基德出人意料的言行所困扰时,次郎吉收到一个神秘人的电话中听闻飞行船内已经被“杀人细菌”给侵袭的消息,与此同时飞行船之中有不少人受到感染而被隔离与禁锢(其中包含小兰),更糟的事恐怖组织红暹罗猫因为不知道被谁的帮助下侵入飞行船将船内的人员劫为人质并且在船内各处设置炸弹并撒满细菌!